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Evaluation économique des techniques de séquençage de nouvelle génération (NGS) à visée diagnostique de cancers

Morgane Michel, Séverine Coquerelle, Meryl Darlington, Isabelle Durand-Zaleski

Collaborations : Sandrine Baffert & Etienne Rouleau (Institut Curie, Paris), Isabelle Borget (IGR, Villejuif), Patricia Marino (Institut Paoli-Calmettes, Marseille), Lionel Perrier (Centre Léon Bérard, Lyon) et plateformes NGS (Nantes-Angers, Strasbourg, Lyon, Bordeaux, IGR, Rennes, Curie, Rouen-Caen, Lille)

Contexte

En France, l’activité de génétique à visée diagnostique dans le domaine du cancer est actuellement organisée autour de deux réseaux : d’une part, les plateformes de génétique moléculaire des cancers qui réalisent les tests de génétique somatique et, d’autre part, des laboratoires d’oncogénétique qui effectuent les recherches d’altérations génétiques constitutionnelles prédisposant à un risque élevé de cancer.

Un allongement significatif de la liste des biomarqueurs analysés en génétique somatique est attendu à court et moyen terme en raison du développement croissant des thérapies ciblées qui permettent de traiter les patients en fonction des caractéristiques de leur tumeur. De même, de plus en plus de biomarqueurs sont identifiés comme ayant un intérêt pronostique et permettent d’orienter la prise en charge des patients. L’apparition de ces nouveaux biomarqueurs a pour conséquence une augmentation régulière du nombre de tests à réaliser pour chaque patient, ce qui conduit les plateformes de génétique à adopter des technologies permettant de multiplier les analyses, en particulier les techniques de séquençage de nouvelle génération NGS (Next Generation Sequencing). Par ailleurs, l’implémentation du NGS en génétique constitutionnelle va contribuer à accroître les capacités d’analyse des laboratoires, permettant ainsi de réduire le délai de rendu des résultats et de séquencer davantage de gènes de prédisposition pour un même patient, améliorant ainsi l’identification des personnes à haut risque de cancer.

C’est dans ce cadre que l’Institut National du Cancer a lancé un appel à projet ayant pour but de préparer de manière coordonnée l’implémentation nationale du NGS à visée diagnostique dans les laboratoires d’oncogénétique constitutionnelle et les plateformes de génétique moléculaire, en réalisant une étude pilote sur un nombre limité de laboratoires. Cette étude pilote inclut un volet médico-économique.

Objectifs

Le volet médico-économique a trois objectifs :

1) Estimer le coût du NGS dans les laboratoires retenus, de la phase pré-analytique à la transmission des résultats au clinicien,

2) Réaliser une étude coût-efficacité sur l’apport du NGS comparé aux techniques de référence,

3) Analyser l’impact des informations complémentaires obtenues par les techniques NGS sur les décisions thérapeutiques.

Méthode

Ce travail est une étude collaborative entre cinq équipes d’économistes de la santé. L’URC Eco participe à l’objectif 1 et est en charge de mener à bien l’objectif 3.

Le coût des techniques NGS sera calculé par une évaluation prospective de type microcosting réalisée au sein de chaque plateforme retenue par l’INCa (n=9). L’analyse des plateformes sera répartie entre les cinq équipes, qui utiliseront une grille commune de recueil de données. Un coût de production de l’enregistrement jusqu’au rendu du résultat sera calculé pour l’oncogénétique constitutionnelle, la génétique somatique des tumeurs solides et la génétique somatique en onco-hématologie.

L’évaluation coût-efficacité sera réalisée sur les tumeurs solides et les prédispositions génétiques pour les cancers du sein et de l’ovaire. Elle aura recours à la modélisation pour mettre en regard le supplément de coût avec le supplément d’efficacité apporté par le NGS comparé aux techniques de référence.

Enfin, l’impact du NGS sur les pratiques cliniques sera analysé après élaboration d’un questionnaire prospectif qui recueillera auprès des cliniciens les informations relatives aux patients, aux mutations dépistées ainsi qu’aux changements dans le traitement proposé liés aux résultats du test. Cette étude sera faite sur une sélection de plateformes et de tumeurs.

Echéancier

  • début : janvier 2014
  • fin prévisionnelle : juin 2015

Dernière mise à jour le 14/11/2016